安徽医药技校设有临床医学院（全科医学院）、口腔医学院、医学技术学院、护理学院、公共卫生与健康管理学院、药学院、公共基础学院、基础医学院、马克思主义学院等9个学院，以及继续教育学院、安徽省全科医学培训中心、安徽省卫生职工培训中心、安徽省遗传医学中心等多个教育培训与科研机构和5所附属医院。开设“医、药、护、技、管”五个专业群22个专业，其中国家级骨干专业4个，省级特色专业14个。拥有国家“万人计划”名师1人，省级教学名师9人，省级专业带头人13人，省级教坛新秀15人，省级教学团队18个。现有校内实训中心（基地）14个，实验实训室81个，其中，中央财政支持职业教育实训基地（中心）2个、省级示范实训中心7个。拥有三级甲等附属医院（安徽省第二人民医院）1所，二甲非直属附属医院4所，校外实习实训基地176个。